Los sistemas de gestión son relevantes en las organizaciones para el logro de los objetivos estratégicos. Este trabajo de investigación muestra un planteamiento para estructurar un sistema de gestión de calidad y gestión ambiental integrado bajo las normas ISO 9001:2015 e ISO 14001:2015 respectivamente, en una organización pública de investigación agropecuaria que produce semillas e investigaciones para contribuir en la seguridad alimentaria del Ecuador. La importancia de esta investigación radica en el impacto social que tiene la organización en la producción de semillas, que se convertirán en alimentos para la población, y a través de este trabajo de estructuración de un sistema de gestión integrado, se va a contribuir en la sostenibilidad de la imagen ante las partes interesadas, que luego de una implementación total del sistema, va a generar confianza garantizando que los productos y servicios que entrega la organización cumplen estándares internacionales de gestión ambiental y gestión de calidad.