El sistema de investigación de la Universidad Santo Tomás propende, entre otros propósitos, por la relación coherente y eficiente entre las líneas de investigación medulares y las líneas activas de las Facultades y Programas Académicos, las cuales se consolidan como los ejes estratégicos a través de los que la Universidad encauza sus intereses temáticos específicos de investigación. Bajo la sombra epistemológica de las líneas de investigación, se despliega la actividad de los grupos de investigación, los cuales contribuyen capitalizando la formación de nuevos investigadores; articulando en su quehacer científico a los semilleros, auxiliares y jóvenes investigadores.