El modelo planteado en el proyecto investigativo institucional, PROIN, sustenta desde el punto de vista epistemológico, las relaciones que se derivan de la búsqueda, el descubrimiento y el camino que conduce hacia la verdad. Desde esta perspectiva, el modelo implica un diseño metodológico que se concibe a partir de cuestionamientos, problemas y proyectos, que corresponden directamente con líneas y programas de investigación, aceptando la multicomplejidad como referente inmediato. En este contexto, la Universidad Santo Tomás propone un conjunto de políticas que impulsen la investigación como una propuesta estratégica, un proceso de mejoramiento continuo y una búsqueda de integración nacional e internacional, la cual estará basada en estándares de calidad. Las políticas formuladas, por lo tanto, integran los criterios básicos para desarrollar la investigación señalados en el PROIN, tales como: calidad, universalidad, pertinencia, responsabilidad, practicidad, interdisciplinariedad, transdisciplinariedad, idonedidad, integridad, equilibrio, flexibilidad, equidad, eficacia y eficiencia.