La dependencia de los combustibles fósiles tiene consecuencias perjudiciales como el aumento de los gases de efecto invernadero, contaminación de aguas y suelos. Por esta razón se han incrementado las investigaciones de energía renovables y una de ellas son las microalgas. Ellas tienen la ventaja de absorber mayores cantidades de CO2, descontaminar aguas, sin grandes extensiones de terreno y su crecimiento es veloz comparado con otros cultivos energéticos. En el presente trabajo se implementó un cultivo mixotrófico a pequeña escala de Chlorella vulgaris ubicado en las instalaciones de la sede El Limonal de la Universidad Santo Tomas. La etapa de crecimiento fue de 14 días, la biomasa fue concentrada por decantación seguida de centrifugación y finalmente liofilización obteniéndose 81,8676 g de biomasa seca. Esta biomasa se transesterificó directamente con metanol y ácido clorhídrico y se obtuvo 2,5802 g de biodiesel, se caracterizó por RMN, FTIR y GC - FID comprobando la presencia de metil ésteres de ácidos grasos.