El documento orienta institucionalmente sobre el sentido y la conveniencia del trabajo por líneas de investigación en las unidades académicas (departamentos y facultades). Parte de una reflexión sobre la significación compleja de líneas de investigación que supere la visión simplista como marcos conceptuales. Se plantean entonces tres elementos que constituyen las líneas de investigación, y a partir de ellos se construye el concepto de Líneas Medulares de Investigación (LMI) y el de Líneas Activas de Investigación (LAI). Comprender las líneas como un proceso significa definir unos niveles de desarrollo: exploratorio, medio, avanzado. Se definen los criterios para cada nivel y luego se reflexiona sobre las ventajas desventajas y precauciones al trabajar con líneas de investigación. Se trata de establecer la relación entre calidad de la investigación y calidad de la educación superior. Por último, se propone un conjunto de LMI para la Universidad Santo Tomás, expresadas desde la filosofía institucional y desde la relación de las disciplinas de conocimiento de los programas con dicha filosofía