Los procesos de justicia transicional y las penas alternativas que se dan en dicho contexto, especialmente en el caso colombiano, deben tener una finalidad diferente a los fines tradicionales de la pena. En primer lugar porque los procesos judiciales que se dan en justicia transicional, tienen un tratamiento distinto a un proceso penal ordinario; y en segundo lugar lo que se busca con la aplicación de una pena alternativa en justicia transicional, es reconstruir el tejido social de un país que se ha visto gravemente afectado por el conflicto. Es por ello que los fines retributivos, o de prevención general y especifica en sus diferentes modalidades, aunque pueden llegar a ser una consecuencia de la aplicación de una pena alternativa, no deben ser vistos como sus fines, sino como fenómenos accesorios, ya que los fines de las penas alternativas deben estar dirigidos hacia la Reconciliación, la Reincorporación y la Reparación.