La Unidad de Investigación se creó en el año 2000, a partir del Plan general de desarrollo 2000-2003. Su propósito era el de conformar una estructura capaz de administrar y liderar las dinámicas investigativas de la universidad, para cuyos efectos conformó líneas de investigación al interior de los diferentes programas, con el fin de articular los procesos de investigación desarrollados por la universidad. Bajo este panorama, la Unidad consolidó un equipo de docentes investigadores, quienes, desde su experticia en todos los aspectos de la investigación, apoyaron las actividades investigativas que se gestaban en los programas, mediante líneas, grupos y centros de investigación.