En el presente se realizó la caracterización de la comunidad de macroinvertebrados acuáticos y la estimación de la calidad de agua de tres lagunas del Parque Nacional Natural Chingaza: la laguna del Arnical, la Laguna del Medio y la Laguna de Chingaza. Para esto, se llevaron a cabo 3 muestreos en los meses de Septiembre de 2014, Marzo y Abril de 2015, los cuales corresponden a temporada húmeda, seca y de transición respectivamente. En esta investigación se recolectaron 1007 macroinvertebrados acuáticos representados en 4 phylum: Arthropoda, Annelida, Mollusca y Platyhelminthes; 7 clases: Malacostraca, Insecta, Hirudinea, Olichaetam Bivalvia, Turbellaria y Gastropoda; 12 órdenes: Amphipoda, Hemiptera, Ephemeroptera, Coleoptera, Diptera, Odonata, Arthynchobdellida, Rhynchobdellida, Haplotaxida, Veneroida, Tricladida y Basommatophora y 16 familias: Hyalellidae, Corixidae, Notonectidae, Baetidae, Gyrinidae, Ceratopogonidae, Chironomidae, Lestidae, Aeshnidae, Erpobdellidae, Glossiphoniidae, Lumbricidae, Sphaeriidae, Planariidae y Physidae de las cuales la Glossiphoniidae, la Notonectidae, la Corixidae y la Hyalellidae presentaron dos morfo especies diferentes. La Hyalellidae fue la familia más representativa durante todo el muestreo; esta clasificación se hizo con el fin de determinar el índice BMWP/Col., el cual indica como es la calidad de agua según los macroinvertebrados recolectados. Adicionalmente, a esto se tomaron parámetros fisicoquímicos, y biológicos in situ en cada punto de muestreo para poder determinar el índice de calidad de agua National Sanitation Foundation ICANSF, y los índices biológicos de Shannon-Weaver, Margalef, Pielou y Jaccard, con la finalidad de saber la biodiversidad en los puntos muestreados.