Modelo SIR de la pandemia de Covid-19 en Colombia

dc.contributor.authorManrique-Abril, Fred G.
dc.contributor.authorAgudelo-Calderon, Carlos A.
dc.contributor.authorGonzález-Chordá, Víctor M.
dc.contributor.authorGutiérrez-Lesmes, Oscar.
dc.contributor.authorTéllez-Piñerez, Cristian F.
dc.contributor.authorHerrera-Amaya, Giomar.
dc.contributor.cvlachttp://scienti.colciencias.gov.co:8081/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000016463
dc.contributor.cvlachttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000600032
dc.contributor.cvlachttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001447941
dc.contributor.googlescholarhttps://scholar.google.es/citations?user=PJ6JUFwAAAAJ&hl=es
dc.contributor.googlescholarhttps://scholar.google.es/citations?user=hT7ZK4cAAAAJ&hl=es
dc.contributor.orcidhttps://orcid.org/0000-0001-7426-6686
dc.contributor.orcidhttps://orcid.org/0000-0002-5181-0236
dc.contributor.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-3869-1831
dc.contributor.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-0344-8882
dc.date.accessioned2020-05-27T12:49:02Z
dc.date.available2020-05-27T12:49:02Z
dc.date.issued2020-05-26
dc.descriptionObjetivo Desarrollar un modelo SIR pronóstico de la pandemia de COVID-19 en el territorio colombiano Métodos Se utilizó un modelo SIR con enfoque determinístico para pronosticar el desarrollo de la pandemia de COVID-19 en Colombia. Los estados considerados fueron susceptibles (S), infecciosos (i) y recuperados o fallecidos (R). Los datos poblacionales se obtuvieron del Departamento Administrativo Nacional de estadística (Proyecciones de Población 2018-2020, difundida en enero de 2020) y los datos sobre casos diarios confirmados de COVID-19 del Instituto Nacional de Salud. Se plantearon diferentes modelos variando el número básico de reproducción (R0 ). Resultados A partir de los casos reportados por el Ministerio de Salud se crearon cuatro ambientes o escenarios simulados en un modelo SIR epidemiológico, se extendieron las series de tiempo hasta el 30 de mayo, fecha probable del 99% de infección poblacional. Un R0 de 2 es la aproximación más cercana al comportamiento de la pandemia durante los primeros 15 días desde el reporte del caso 0, el peor escenario se daría en la primera semana de abril con un R0 igual a 3. Conclusiones Se hacen necesarias nuevas medidas de mitigación y supresión en las fases de contención y transmisión sostenida, como aumento de la capacidad diagnostica por pruebas y desinfección de zonas pobladas y hogares de aislamiento.spa
dc.description.abstractObjective To develop a prognostic SIR model of the COVID-19 pandemic in Colombia. Materials and Methods A SIR model with a deterministic approach was used to forecast the development of the COVID-19 pandemic in Colombia. The states considered were susceptible (S), infectious (i) and recovered or deceased (R). Population data were obtained from the National Administrative Department of Statistics (DANE) — Population Projections 2018-2020, released in January 2020—, and data on daily confirmed cases of COVID-19 from the National Institute of Health. Different models were proposed varying the basic reproduction number (R0 ). Results Based on the cases reported by the Ministry of Health, 4 simulated environments were created in an epidemiological SIR model. The time series was extended until May 30, the probable date when 99% of the population will be infected. R0 =2 is the basic reproduction number and the closest approximation to the behavior of the pandemic during the first 15 days since the first case report; the worst scenario would occur in the first week of April with R0 =3. Conclusions Further mitigation and suppression measures are necessary in the containment and sustained transmission phases, such as increased diagnostic capacity through testing and disinfection of populated areas and homes in isolation.spa
dc.description.domainhttp://unidadinvestigacion.usta.edu.cospa
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.citationManrique-Abril, F., Agudelo-Calderon, C., González-Chordá, V., Gutiérrez-Lesmes, O., Téllez-Piñerez, C., & Herrera-Amaya, G. (2020). Modelo SIR de la pandemia de Covid-19 en Colombia. Revista de Salud Pública, 22, 1-9. Recuperado de https://revistas.unal.edu.co/index.php/revsaludpublica/article/view/85977spa
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.15446/rsap.V22.85977spa
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11634/23484
dc.publisher.branchCRAI-USTA Bogotáspa
dc.relation.referencesLi Q, Guan X, Wu P, et al. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected neumonia. N Engl J Med. [Internet] 2020; Citado 25 de marzo de 2020; 382:1199-1207. Disponible en: https://bit.ly/39spYE3.spa
dc.relation.referencesLu R, Zhao X, Li J, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet [Internet]; 2020; Citado el 25 de marzo de 2020; 395:565- 574. Disponible en: https://bit.ly/3bNqTAL.spa
dc.relation.referencesZhu N, Zhang D, Wang W, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med [Internet] 2020; Citado el 25 de marzo de 2020; 382:727-733. Disponible en: https://bit.ly/39uR9yc.spa
dc.relation.referencesGUAN, Wei-jie, et al. Clinical characteristics of coronavirus disease 2019 in China. N Engl J Med. [Internet] 2020. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/2JpRuHI.spa
dc.relation.referencesWu, JT, Leung, K., Bushman, M. et al. Estimating clinical severity of COVID-19 from the transmission dynamics in Wuhan, China. Nat Med [Internet]. 2020. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: https:// bit.ly/2R0lQoB.spa
dc.relation.referencesCoronavirus (COVID-19) events as they happen [Internet]. World Health Organization. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: https:// bit.ly/3bECmCn.spa
dc.relation.referencesSurveillances, Vital. The Epidemiological Characteristics of an Outbreak of 2019 Novel Coronavirus Diseases (COVID-19)—China. China CDC Weekly [Internet]. 2020. Citado el 25 de marzo de 2020. 2,8,113- 122. Disponible: https://bit.ly/2WV3JUA.spa
dc.relation.referencesRothe C, Schunk M, Sothmann P, et al. Transmission of 2019-nCoV infection from an asymptomatic contact in Germany. N Engl J Med [Internet]. 2020. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit. ly/2WUmZBy.spa
dc.relation.references. Phan LT, Nguyen TV, Luong QC, et al. Importation and human-to-human transmission of a novel coronavirus in Vietnam. N Engl J Med [Internet]. 2020. Citado el 25 de marzo de 2020. 382,9,872-874. Disponible en: https://bit.ly/39tmlxJ.spa
dc.relation.referencesCoronavirus disease (COVID-19) outbreak [Internet] World Health Organization. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://www. who.int.spa
dc.relation.referencesNational Health Commission of the People’s Republic of China [Internet] home page. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: http:// en.nhc.gov.cn/.spa
dc.relation.references. COVID-19 Situation [Internet]. World Health Organization. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en https://bit.ly/39un8i3.spa
dc.relation.references. Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report – 65 [Internet]. World Health Organization. Citado el 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/3auTavA.spa
dc.relation.referencesInstituto Nacional de Salud de Colombia [Internet] Coronavirus (COVID-19) en Colombia. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/2UNnOtl.spa
dc.relation.referencesMikler AR, Venkatachalam S, Abbas K. Modeling infectious diseases using global stochastic cellular automata. J Biol Syst. [Internet]. 2005. Citado 25 de marzo de 2020; 13(4):421–39.Disponible en: https://bit. ly/2wFIETE.spa
dc.relation.references. Velasco-Hernandez JX, Leite MC. A model for the A(H1N1) epidemic in Mexico, including social isolation. Salud Pública Mex [Internet]. 2011. Citado 25 de marzo de 2020;53(1):40–7. Disponible en: https://bit.ly/ 2Jngbo3.spa
dc.relation.referencesHeesterbeek JA. A brief history of R0 and a recipe for its calculation. Acta Biotheor [Internet]. 2002. Citado 25 de marzo; 50(3):189–204. Disponible en: https://bit.ly/2QYw4Wt.spa
dc.relation.referencesPeng L, Yang W, Zhang D, et al. Epidemic analysis of COVID-19 in China by dynamical modeling. arXiv preprint arXiv [Internet]. 2002. Citado 25 de marzo de 2020. 06563. Disponible en: https://arxiv.org/ abs/2002.06563.spa
dc.relation.referencesGiuliani D, Dickson MM, Espa G, et al. Modelling and predicting the spread of Coronavirus (COVID-19) infection in NUTS-3 Italian regions. arXiv preprint arXi [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. 2003.06664. Disponible en: https://arxiv.org/abs/2003.06664.spa
dc.relation.referencesJia W, Han K, Song Y, et al. Extended SIR prediction of the epidemics trend of COVID-19 in Italy and compared with Hunan, China. medRxiv [Intenet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit. ly/2ycRHeW.spa
dc.relation.referencesDepartamento Administrativo Nacional de Estadística de Colombia [Internet] Citado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit. ly/2w3uFqm.spa
dc.relation.referencesLiu Y, Gayle AA, Wilder-Smith A, et al. The reproductive number of COVID-19 is higher compared to SARS coronavirus. Journal of travel medicine [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://doi.org/10.1093/jtm/taaa021.spa
dc.relation.referencesFerguson NM, Laydon D, Nedjati-Gilani G, et al. Impact of non-pharmaceutical interventions (NPIs) to reduce COVID-19 mortality and healthcare demand. London: Imperial College COVID-19 Response Team [Internet]. 2020. Citado el25 de marzo de 2020. Vol. 16. Disponible en: https://bit.ly/2vZooMl.spa
dc.relation.referencesHubert T. Coronavirus: El Martillo y la Danza. Medium [Internet] 2020. Acceso 29 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/2Jp62Y3.spa
dc.relation.referencesLi R, Pei S, Chen B, Song Y, Zhang T, Yang W, et al. Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV2). Science [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/2vXQirV.spa
dc.relation.referencesVernon V, Calvin J, Chiew C, et al. Interrupting transmission of COVID-19: lessons from containment efforts in Singapore. Journal of Travel Medicine. [Internet]. 2020. Acceso 29 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/2vXQirV.spa
dc.relation.referencesBBC. Coronavirus: la exitosa estrategia de Corea del Sur para salvar vidas en medio de la pandemia del covid-19. [Internet] Citado 25 de Marzo de 2020. Disponible en: https://bbc.in/39qzeIN.spa
dc.relation.referencesHu JX, He GH, Liu T, et al. Risk assessment of exported risk of novel coronavirus pneumonia from Hubei Province. Chinese journal of preventive medicine. [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. 54, E017. Disponible en: https://bit.ly/33WrRrk.spa
dc.relation.referencesAnderson RM, Heesterbeek H, Klinkenberg D. How will country-based mitigation measures influence the course of the COVID-19 epidemic?. The Lancet [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. 395,10228, 931-4. Disponible en: https://bit.ly/3dzG4iB30.spa
dc.relation.referencesZhu ZB, Zhong CK, Zhang KX, et al. Epidemic trend of corona virus disease 2019 (COVID-19) in mainland China. Chinese journal of preventive medicine [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. 54, E022. Disponible en: https://bit.ly/3bA14E0.spa
dc.relation.referencesShim E, Tariq A, Choi W, et al. Transmission potential and severity of COVID-19 in South Korea. International Journal of Infectious Diseases [Internet]. 2020. Consultado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/3bu2yj8.spa
dc.relation.referencesKucharski AJ, Russell TW, Diamond C. Early dynamics of transmission and control of COVID-19: a mathematical modelling study. The Lancet Infectious Diseases [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. Disponible en: https://bit.ly/2wNlv1w.spa
dc.relation.referencesBatista M. Estimation of the final size of the second phase of coronavirus epidemic by the logistic model. MedRxiv. [Internet]. 2020. Citado 25 de marzo de 2020. Consultado en: https://bit.ly/2JonTOV.spa
dc.rightsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/co/
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dc.titleModelo SIR de la pandemia de Covid-19 en Colombiaspa
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