En este documento se presenta un modelo que mide el valor agregado o efecto escuela para la educación superior en Bogotá utilizado para evaluar la calidad del sistema educativo en este nivel, aislando los conocimientos previos adquiridos por los estudiantes en la educación básica y media y los factores familiares, sociales y económicos, de tal manera que es posible calcular realmente la efectividad del factor institucional que determina un valor agregado para el estudiante. Para llevar a cabo esta medición se utiliza una estimación de modelos lineales jerárquicos con variables instrumentales a partir de las bases de datos suministradas por el Instituto Colombiano para la Evaluación de la Educación y el Departamento Administrativo Nacional de Estadística. El resultado del modelo indica que el desempeño académico de los estudiantes está explicado en un 71% por factores asociados a las universidades y en un 29% a factores sociales, económicos y conocimientos previos. Así mismo, se llega a la conclusión de que la Fundación Universitaria Konrad Lorenz, la Universidad de la Sabana y la Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud, que ocupaban las posiciones 13, 20 y 32 en la clasificación con la metodología de promedio simple sean las 3 primeras instituciones respectivamente, que mayor valor agregado han aportado a sus estudiantes en Bogotá en el periodo 2007 – 2012.